วัดบางกุ้ง มีอุโบสถเก่าแก่โบราณ สร้างมาตั้งแต่สมัยอยุธยา เป็นที่ประดิษฐานพระประธาน ที่มีนามเรียกขานว่า หลวงพ่อดำโบสถ์น้อย หรือหลวงพ่อนิลมณี ดังนั้นโบสถ์หลังนี้จึงมีชื่อเรียกว่า โบสถ์หลวงพ่อดำ และเนื่องจากปัจจุบันโบสถ์หลังนี้ถูกปกคลุมทั้งหลังด้วยต้นโพธิ์ ต้นไทร ต้นไกรและต้นกร่าง จึงมีชื่อเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า โบสถ์ปรกโพธิ์ ภายในโบสถ์ มีภาพจิตรกรรมเขียนสี สมัยอยุธยาตอนปลาย ที่ลบเลือนไปตามกาลเวลา วัดบางกุ้งมีประวัติตามหนังสือสมุทรสงครามว่า เป็นวัดเก่าแก่สมัยอยุธยาในสมัยของสมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์ในคราวโปรดให้ยกกองทัพเรือมาตั้งค่ายที่บางกุ้ง (ค่ายบางกุ้ง) โปรดให้สร้างกำแพงล้อมค่าย ต่อมาชาวบ้านสร้างวัดเพื่อเป็นที่ยึดเหนี่ยวจิตใจ ในสมัยของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช สมุทรสงครามกลายเป็นเส้นทางยุทธศาสตร์ที่สำคัญและได้ทำศึกกับพม่าที่ยกทัพมาจากเมืองทวาย เรียกว่า สงครามค่ายบางกุ้ง ซึ่งไทยเป็นฝ่ายได้ชัยชนะ ดังนั้นทางจังหวัดจึงได้สร้างสิ่งก่อสร้างและจัดกิจกรรมหลาย ๆ อย่าง เพื่อลำรึกถึงความสำคัญของค่ายบางกุ้งแห่งนี้

อาจจะเป็นด้วยวัดบางกุ้งกำเนิดมาจากชาวบ้านในท้องถิ่น โบสถ์ดั้งเดิม (โบสถ์หลวงพ่อดำ) จึงมีขนาดเล็ก และคงขาดการดูแลรักษาเป็นเวลานานมาก ต้นไม้ประเภทต้นโพธิ์ ต้นไทรที่เกิดบนหลังคาจึงสามารถงอกรากย้อยลงสู่พื้นดินได้ และเจริญเติบโต จนเหลือกำลังที่จะกำจัดออก จนต้องปล่อยให้คลุมโบสถ์ทั้งหลัง ดังที่เห็นในปัจจุบัน กลายเป็นของแปลกไป ก็ไม่รู้จะดีใจหรือเศร้าใจดี