วัดตระพังเงินอยู่ไม่ไกลจากวัดมหาธาตุ ซึ่งเป็นวัดศูนย์กลางของกรุงสุโขทัย อยู่ห่างประมาณ ๓๐๐ เมตรไปทางทิศตะวันตก วัดนี้ไม่มีกำแพงแก้ว มีเจดีย์ประธานทรงดอกบัวตูมที่แปลกและเด่นพิเศษกว่าที่อื่น ๆ คือ จระนำ (ซุ้มท้ายวิหารหรือท้ายโบสถ์ มักเป็นช่องตัน) ที่เรือนธาตุทั้งสี่ด้านประดิษฐานพระพุทธรูปยืนและลีลา ในขณะที่เจดีย์ทรงดอกบัวตูมในที่อื่น ๆ ไม่มี นอกจากเจดีย์ทรงดอกบัวตูมแล้ว มีวิหารอยู่ด้านหน้า มีเจดีย์บริวาร และมีโบสถ์อยู่บนเกาะกลางน้ำ หรือเกาะกลางตระพังเงิน (ตระพังหมายถึง บ่อ หรือ หนอง หรือแอ่ง ที่มีชื่อเรียกว่า เงิน) โบสถ์ที่อยู่กลางน้ำนี้สร้างตามคติ นทีสีมา ซึ่งเป็นความเชื่อถือแบบพระพุทธศาสนาที่ใช้น้ำในความหมายของความบริสุทธิ์ของขอบเขตที่กันไว้ สำหรับให้พระสงฆ์ทำสังคกรรม (สงสัยว่าอย่างนี้แล้ว จะอนุญาติให้ผู้หญิงเข้าไปที่โบสถ์นี้ได้หรือไม่ แต่เท่าที่ดูมาหลายวัด โบสถ์ในสมัยกรุงสุโขทัย มักสร้างแยกออกห่างไปอยู่ต่างหาก และมักมีขนาดเล็ก ในขณะที่วิหารอลังการกว่า อย่างนั้นแล้วโบสถ์คงสงวนไว้สำหรับพระภิกษุสงฆ์จริง ๆ สีกาไม่มีข้ออ้างยุ่งเกี่ยว)

คติการสร้างโบสถ์กลางน้ำนี้ ยังพบอีกที่วัดสระศรี ซึ่งจะได้นำเสนอให้ทราบในคราวต่อไป วัดอื่น ๆ ที่ชื่อเกี่ยวกับ ตระพัง เช่น วัดตระพังทอง ตระพังผักตบ ตระพังช้างเผือก ก็ไม่มีการสร้างโบสถ์กลางน้ำ แต่จะมีสระน้ำอยู่ในบริเวณเขตวัด ยกเว้นวัดตระพังทอง สิ่งก่อสร้างทั้งหมดอยู่บนเกาะกลางน้ำ